1998年6月30日(农历1998年闰5月7日)，埃斯特拉达出任菲律宾总统。
1998年6月30日，菲律宾新一届总统约瑟夫·埃斯特拉达宣誓就职，并宣布组成新内阁。电影明星出身的埃斯特拉达是在5月11日举行的大选中，以史无前例的高得票率战胜对手而当选菲第13届总统的。
埃斯特拉达在就职演说中表示，他将把恢复经济的快速增长、大力发展农业、消除贫困、铲除腐败和打击犯罪作为新政府的中心任务。
在拉莫斯总统执政的6年中，菲律宾经济的发展有了长足的进步，从负增长变为连续4年保持在5%以上的较高增长率。但1997年发生在东南亚地区的金融危机使菲津宾经济遭遇了巨大挫折，经济增长速度明显降低，甚至面临衰退危险。许多人担忧，电影明星出身的埃斯特拉达没有解决经济难题的经验，会在严峻的挑战面前缺乏对策。
对此，埃斯特拉达已有足够的心理和组织准备。他不无信心地说，他将全力依靠一个稳定的、由30名经济专家组成的智囊团的力量，战胜危机。这些专家中既有左翼党派的候选人，也有颇具能力的银行家。他说，新政府将设法尽快稳定遭受金融危机冲击的国民经济，恢复经济的快速增长。
埃斯特拉达表示，新政府将把降低利率、控制财政赤字、提高外汇储备作为当前经济工作重点，将继续执行拉莫斯政府的经济和贸易自由化、结构改革和私有化等宏观经济政策。
埃斯特拉达之所以有较多的支持者，主要原因之一是许多菲律宾人将他视为平民总统。目前菲全国贫困率高达34%，贫困人口达2000多万，主要集中在农村。埃斯特拉达认为，大力发展农业生产是使广大贫苦农民脱贫致富的必经之路，也是新政府重振经济的最大挑战。他承诺，一定把消除贫困作为政府优先考虑的课题。
此外，打击犯罪和铲除官员腐败也是埃斯特拉达政府强调的工作重点。这些年来，菲律宾社会虽然趋于稳定，但各种犯罪活动还是十分猖撅。贩毒吸毒、绑架和枪击事件屡见不鲜，就在刚刚结束的这次大选中，已有至少45人死于暴力事件。
为了表明新政府打击犯罪的决心，埃斯特拉达决定把维护社会治安列为政府的头等大事之一，并决定亲自兼任内政和地方政府部长，保证在6个月内肃清国内主要的绑架、贩毒和恐怖活动团伙。
这位61岁的新总统在就职时还说，自己已经毫不留情地同酗酒和赌博等恶习永远地告别了，甚至在几周前他还戒了烟。在竞选总统时，对于有人担心他缺乏治理国家的能力，埃斯特拉达曾经对朋友说：“我竞选市长时，曾遭到过别人的嘲笑；我竞选参议员时，也有不少人嘲笑我；当副总统时，仍然被嘲笑。现在我竞选总统，我希望他们继续嘲笑我，因为我将笑到最后。”
这位从60年代开始，在银幕上扮演过许多英雄豪杰并深受观众喜爱的影星说，他将作“最后的、也是最辉煌的一次表演”。
