千百年来，几乎整个玛雅文明都笼罩着一层迷雾，然而玛雅人的消失一直是玛雅文明最大的谜。据有关资料显示公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工，在公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。
公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱。这情形让我们联想到复活节岛采石场上突然停工的情景。这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求，辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明、回归蒙昧的做法，是出于自愿、还是另有隐情那。后来很多专家也有过这种猜测，例如外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移，然而，这些假设和猜测都是缺少说服力的。
对于玛雅人的消亡之谜，美国的艾力克和哥雷克两兄弟提出了另一个惊人的说法玛雅人是外星人，因为在一个星球遇到致命的灾难，而逃离到地球。
玛雅文化的神秘消失是由外星人运用大型太空船集中人力、物力进行突击性的运送来完成的星球大转移。太空船把绝大多数玛雅人运送到外星球后，只有极少数人留守。
根据有关资料，有的学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，它经济繁荣，文化发达，可在1万年前的某一天，它一夜之间沉入了大海，毁灭了。翻开地图我们发现，大西洲的位置离犹卡坦半岛很近。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日13时开始了他们的新纪元。
在玛雅人中流传着这样一句话“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元”。所以我们认为，若以上材料是真实可靠的话，那么，也许玛雅人会是幸存的大西洲人和美洲当地人的后代，他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向北迁移，并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡，当然，这一说法还有待论证。
每一种说法都似乎很有道理，但正如法国人克罗齐所说，“任何历史都是当代史”，每一种说法也都无可避免地带上了研究者个人的烙印。
